中心下设6大学术团队。

东北亚先秦考古团队学术带头人为赵宾福、井中伟教授，以东北亚石器时代、青铜时代考古为研究重点。目前承担国家社科基金重大项目2项，合作开展了吉林大安后套木嘎、双辽大金山、内蒙古克什克腾旗哈巴其拉等遗址的发掘。

东北亚历史考古团队学术带头人为宋玉彬、彭善国教授，以高句丽渤海考古、辽金元考古为科研重点。目前承担国家社科基金重大项目1项、国家社科基金特别委托项目2项，合作开展了吉林乾安辽金春捺钵、安图金代长白山神庙遗址的调查和发掘工作。

北方边疆及东西伯利亚考古团队学术带头人为冯恩学、王立新教授，以北方民族考古为科研重点。目前承担教育部重大课题攻关项目1项、教育部基地重大项目1项。与蒙古国立大学合作开展了为期3年的蒙古国退因河流域的考古调查和发掘工作。

西北边疆及中亚考古团队学术带头人为杨建华、邵会秋教授，以早期东西方文化交流为研究重点。目前承担国家社科基金重大项目1项。与俄罗斯西伯利亚联邦大学、米奴辛斯克博物馆合作，开展了中亚与南西伯利亚青铜时代遗址的调查、发掘与馆藏文物的整理工作。

边疆人类与生业考古团队学术带头人为朱泓、张全超教授，以中国边疆及邻境地区的古代人类、环境及生业方式为研究重点。目前承担国家社科基金重点项目2项，与俄罗斯科学院物质文化史研究所、蒙古国立大学等合作开展了境外石器时代与青铜时代的人骨体质特征与食谱研究。

古DNA研究团队学术带头人为崔银秋、蔡大伟教授，以边疆及邻境地区古代人骨、动物、植物遗存遗传特征研究为科研重点。目前承担国家社科基金重大项目1项、教育部基地重大项目1项，与加拿大、德国、俄罗斯、蒙古等多个国家的科研单位合作，开展欧亚大陆早期人类迁徙、动植物的培育与传播等方面的前沿性研究。