吉林大学边疆考古研究中心是2000年首批入选的教育部人文社会科学重点研究基地。中心以中国边疆及其邻境地区的古代文化、人类与生业研究作为主攻方向，以建设国内领先、世界一流的中国边疆考古科学研究中心、人才培养中心和学术交流中心为发展目标。采用动态和开放的管理体制，除专设部分管理岗和专职科研岗之外，其余均为带课题进站的短聘岗位，完成课题后离站。多年来，中心服务于国家边疆治理及文化遗产保护的重大需求，以问题为导向，凝聚团队，筹划设计和承担系列重大课题，在中国北方边疆地区先秦考古、高句丽渤海考古、辽金元考古，科技考古中的体质人类学、分子考古学、动物考古学，外国考古中的西亚考古、东北亚相关各国考古、考古学史等领域的研究特色鲜明，优势突出，取得了一系列国内外瞩目的学术成果。

中心现有校内专兼职研究人员35人，其中教授26人、副教授5人、讲师3人、师资博士后1人。团队成员包括教育部社会科学委员会委员1人、国务院学位委员会考古学科评议组成员1人、国家社科基金学科规划评审组成员1人、教育部长江学者特聘教授2人、青年长江学者3人、教育部新（跨）世纪优秀人才5人。此外还聘请海外长江学者讲座教授1人及吉林大学匡亚明讲座教授4人。

著名考古学家林沄教授现任中心学术委员会顾问，朱泓教授现任中心学术委员会主任。王巍、赵辉、霍巍、乔梁、高星、水涛、赵宾福、王立新教授为学术委员会委员。中心主任现为王立新教授，彭善国、蔡大伟教授为业务副主任，薛振华为行政副主任，王思拓为办公室主任，王婉瑜为责任编辑。

中心下设6大学术团队。

东北亚先秦考古团队学术带头人为赵宾福、王立新教授，以东北亚石器时代、青铜时代考古为研究重点。目前承担国家社科基金重大项目2项，合作开展了吉林大安后套木嘎、双辽大金山、内蒙古克什克腾旗哈巴其拉等遗址的发掘。

东北亚历史考古团队学术带头人为彭善国教授，以高句丽渤海考古、辽金元考古为科研重点。目前承担国家社科基金重大项目1项、国家社科基金特别委托项目2项，合作开展了吉林乾安辽金春捺钵、安图金代长白山神庙遗址的调查和发掘工作。

北方边疆及东西伯利亚考古团队学术带头人为冯恩学教授，以北方民族考古为科研重点。目前承担教育部重大课题攻关项目1项、教育部基地重大项目1项。与蒙古国立大学合作开展了为期3年的蒙古国退因河流域的考古调查和发掘工作。

西北边疆及中亚考古团队学术带头人为邵会秋教授，以早期东西方文化交流为研究重点。目前承担国家社科基金重大项目1项。与俄罗斯西伯利亚联邦大学、米奴辛斯克博物馆合作，开展了中亚与南西伯利亚青铜时代遗址的调查、发掘与馆藏文物的整理工作。

边疆人类与生业考古团队学术带头人为张全超教授，以中国边疆及邻境地区的古代人类、环境及生业方式为研究重点。目前承担国家社科基金重点项目2项，与俄罗斯科学院物质文化史研究所、蒙古国立大学等合作开展了境外石器时代与青铜时代的人骨体质特征与食谱研究。

古DNA研究团队学术带头人为崔银秋、蔡大伟教授，以边疆及邻境地区古代人骨、动物、植物遗存遗传特征研究为科研重点。目前承担国家社科基金重大项目1项、教育部基地重大项目1项，与加拿大、德国、俄罗斯、蒙古等多个国家的科研单位合作，开展欧亚大陆早期人类迁徙、动植物的培育与传播等方面的前沿性研究。

2015年9月以来，中心校内专兼职人员共承担纵向科研项目34项，合同经费1301万元。其中国家社科基金重大项目3项、教育部重大课题攻关项目1项、国家社科基金特别委托项目2项、中宣部项目1项、国家社科基金重点项目2项、教育部基地重大项目7项、国家社科基金其他项目10项。承担各级各类横向委托项目89项，经费合计1971万元。科研人员出版专著25部，发表学术论文281篇。其中在SSCI、 A&HCI来源期刊发表论文7篇（A类），在《考古学报》、《考古》、《文物》等CSSCI来源期刊或辑刊发表论文153篇；被省部级以上领导部门采纳咨询报告9篇；获得技术专利4项（其中国际专利1项、国内专利3项）。科研成果获省部级奖励5项。

中心科研人员主持的吉林大安后套木嘎遗址的发掘获首届中国考古学大会田野考古三等奖（2016），金代长白山神庙址的发掘入选2017年度全国十大考古新发现。

中心研究生参与基地科研项目发表学术论文64篇，其中SSCI来源期刊论文2篇、CSSCI来源期刊或集刊论文50篇; 研究生赴境外交流访问109人次；获“发现中国”李济考古奖6项，入围奖3项；学位论文获省优博2篇、省优硕3篇。举办“全国高校学生考古论坛”3届、吉林大学“考古日”活动2届，高句丽渤海考古主题夏令营2届、全国十大考古新发现进校园活动2届。

体质人类学与分子考古学国家文物局重点科研基地依托中心建设，拥有国内标本藏量最为丰富的古人骨标本库。

中心主办学术刊物两种，《边疆考古研究》自2008年以来连续入选CSSCI来源集刊，Asian Archaeology为国内高校唯一全英文考古学杂志，目前为德国Springer出版社旗下刊物。